1921 წლის 21 თებერვალს შედგა საქართველოს საკათალიკოზო საბჭოს საგანგებო სხდომა, რომელიც მიეძღვნა საქართველოს სახელმწიფოებრივი დამოუკიდებლობის დაკარგვის საფრთხეს. ქვეყანაში თებერვლის დასაწყისში შემოიჭრა რუსეთის XI არმია, რომელიც თბილისისაკენ მოიწევდა. სხდომამ მიიღო მიმართვა: ა) ეკლესიებში გადახდილ იქნეს პარაკლისები მტრისაგან საქართველოს გათავისუფლებისათვის; ბ) ეკლესიებში წინამძღვრებმა განუმარტონ ხალხს დღევანდელი ომის მნიშვნელობა; გ) სამრევლო საბჭოებმა გაიღონ ქონებრივი ხარჯი ომის საჭიროებათა დასაკმაყოფილებლად; დ) სამრევლო-საბჭოებმა მიიღონ ზომები ტაძრების გაძლიერებისა და სიწმიდეთა დასაცავად; დ) შეკრებილ იქნეს ნებაყოფლობით შეწირულობა აღნიშნული საჭიროებისათვის; ე) კრებული დაეხმაროს ჯარში გაწვეულთა ოჯახებს.
22-23 თებერვალს მთავრობამ მიიღო დადგენილება თბილისის დატოვების შესახებ. საკათალიკოზო საბჭომ კი დადგენილება საეკლესიო განძეულობის (თბილისის, სვეტიცხოვლის ეკლესია-მონასტრის ხატები და სხვა სიწმიდეები) ქუთაისში ევაკუაციის შესახებ. განძის უსაფრთხოებაზე პასუხისმგებლობა დაეკისრა ეპისკოპოს დავით კაჭახიძეს და არქიმანდრიტ პავლე ჯაფარიძეს. 24 თებერვალს თბილისი დატოვა უწმიდესმა ლეონიდემ და ქუთაისში წავიდა. მთავრობამ მიიღო ერთადერთი სწორი გადაწყვეტილება მუზეუმებში თავმოყრილი საეკლესიო განძეული გაეტანა უცხოეთში (საქართველოში დარჩენილი სიწმიდეები ბოლშევიკებმა ოქრო-ვერცხლის ზოდებად ჩამოასხეს, ხოლო მათთვის უსარგებლო – გაანადგურეს).

მთავრობა ემიგრაციაში გაემგზავრა 1921 წლის 11 მარტს, 13 მარტს კათალიკოს-პატრიარქი თბილისში დაბრუნდა. იმავე წლის 11 ივნისს იგი გარდაიცვალა, ფირქრობენ, რომ იგი მოწამლეს, მეორე აზრით, იგი რუსის ჯარის მიერ შემოტანილმა შავი ჭირის ეპიდემიამ იმსხვერპლა. იგი დაკრძალეს 17 ივნისს სიონში.

1921 წლის 1-5 სექტემბერს გელათის ღვთისმშობლის ტაძარში შედგა საქართველოს III საეკლესიო კრება. მთავარი საკითხი იყო ახალი კათოლიკოს-პატრიარქის გამორჩევა, აგრეთვე არჩევა საკათალიკოსო საბჭოს წევრებისა. კათალიკოსად გამორჩეულ იქნა 1919 წლიდან ცხუმ-აფხაზეთის მიტროპოლიტი ამბროსი ხელაია. კათალიკოსობის კანდიდატად კრების მიერ დასახელებული იყო აგრეთვე ქუთათელ-გენათელი მიტროპოლიტი ნაზარი, ხმების უპირატესობით არჩეული იქნა ამბროსი ხელაია, რომელიც იმავე წლის 14 ოქტომბერს აყვანილ იქნა საკათალიკოსო ტახტზე სვეტიცხოველში.

საკათალიკოსო საბჭოს წევრებად არჩეული იქნენ: დეკანოზები ი. მირიანაშვილი, მ. ტყემალაძე, კ. ცინცაძე, საერო პირთაგან ნ. თავდგირიძე, რ. ივანიცკი, კ. კეკელიძე, მათთან ერთად `დებულების” მიხედვით საკათალიკოზო საბჭოს წევრებად ითვლებოდნენ “ყველა მმართველი მღვდელმთავარი”. შემდგომ კ. კეკელიძე და რ. ივანიცკი ჩამოშორდნენ საკათალიკოზო საბჭოს და მათ მაგიერ მიწვეული იქნენ გელათის კრებისაგან არჩეული კანდიდატები ნ. არჯევანიძე და ი. რატიშვილი”.242 (კ. პ. კალისტრატე ცინცაძის  “მწარე მოგონებანი საქართველოს ეკლესიის ახლო წარსულიდან”, (მასალები), ხელნაწერი, საისტორიო არქივი, საქმე 3 103)

კრებიდან რამდენიმე თვის შემდეგ 1923 წლის გაზაფხულისათვის გელათის მონასტერი ბოლშევიკებმა დახურეს. მათი ხელისუფლება 1921 წლის 25 თებერვალს დამყარდა, რუსეთის ჯარების მიერ საქართველოს ოკუპაციის შედეგად. მთავრობამ, რომელსაც ახლა `საქართველოს რევკომი~ ეწოდებოდა, 1921 წლის 15 აპრილს გამოსცა დადგენილება `სახელმწიფოსაგან ეკლესიის და ეკლესიისაგან სკოლის გამოყოფის შესახებ~. საეკლესიო საკუთრება გამოცხადებული იქნა `სახალხო საკუთრებად”. დაიწყო იმჟამად მოქმედი დაახლოებით 1.450 ეკლესიისა და 25 მონასტრის ძარცვა და ნგრევა, ამას თან დაერთო 1.600 სასულიერო პირის რეპრესიები. საქართველოს ეკლესია კიდევ უფრო მტკივნეულად განიცდიდა იმას, რომ მტერმა საქართველოს ჩამოაჭრა ისტორიული მიწა-წყალი ლორე-ტაშირი, საინგილო, მესხეთის დიდი ნაწილი, ჩრდილო საქართველოს რეგიონები, ამასთანავე საქართველოს შინაგანი დანაწევრების მიზნით ხელოვნურად შექმნეს ავტონომიური ერთეულები შიდა ქართლში, აჭარასა და აფხაზეთში. ქართველი ერის სწრაფი ასიმილირებისა და ქვეყანაში მათი პროცენტული რაოდენობის შემცირების მიზნით საქართველოში შემოიყვანეს ლტოლვილი რუსი მოსახლეობა რუსეთის სხვადასხვა კუთხეებიდან, ისინი საქართველოში დაასახლეს ქართველთა შეზღუდვის ხარჯზე. სახელმწიფო დაწესებულებებში მკვეთრად შეიზღუდა და აიკრძალა ქართული ენა. ცხადია, ეკლესიისა და მისი მეთაურისათვის ქვეყნისა და ერის გაჩანაგება მტანჯველი იყო, ამიტომაც კათალიკოს-პატრიარქმა ამბროსი ხელაიამ 1922 წლის თებერვალ-მარტში საკათალიკოსო საბჭოს თანხმობით მემორანდუმი გაუგზავნა გენუის საერთაშორისო კონფერენციას, რომელსაც ათეულობით სახელმწიფოს წარმომადგენლები ესწრებოდნენ. კონფერენცია 10 აპრილიდან 19 მაისამდე მუშაობდა და მასზე ევროპის სახელმწიფოთა გარდა მიწვეული იყო რუსეთის მთავრობის დელეგაცია. ქართველ ბოლშევიკთა შეფასებით წმიდა ამბროსის მემორანდუმმა `დიდი ვნება მოუტანა” რუსეთის დელეგაციას. მემორანდუმის ტექსტი (კათალიკოს-პატრიარქ კალისტრატეს ამონაწერის მიხედვით) ასეთია:

“..1922 წლის თებერვალში სრულიად საქართველოს კათალიკოზმა ამბროსიმ (ქვეყნად ბესარიონ ხელაია) გენუის კონფერენციას მიმართა შემდეგი შინაარსის მოწოდებით: “კულტურულ კაცობრიობას გენუის კონფერენციაზე წარმოდგენილს მონა ღვთისა ამბროსი, სულიერი მწყემსი და პატრიარქი სრულიად საქართველოAსა ქრისტეს მიერ სიყვარულით მოიკითხავს.

ჯერ კიდევ არაქრისტიანული ქართულ ტომის მოდგმებმა შექმნეს პატარა სივრცით, მაგრამ ძლიერი ნებისყოფით და მდიდარი აქტუალური ნიჭით სახელმწიფო, რომელიც ცნობილია ისტორიაში საქართველოს სახელით და რომელიც, საუკუნეთა განმავლობაში, ერთადერთი მატარებელი იყო წინააზიაში ქრისტიანული კულტურისა და ევროპული ჰუმანიზმისა.

XVIII ს-ის გასულს, გარეშე მტერთაგან ბრძოლაში ძალმიხდილი, ქართველი ერი ნებისყოფლობით მიეკედლა ერთმორწმუნე რუსეთს იმ იმედით, რომ მისი მფარველობის ქვეშ საქართველო უზრუნველყოფდა თავის პოლიტიკურსა და ეროვნულ არსებობას, რაიცა აშკარად არის აღნიშნული 1783 წ. საქართველოს მეფის ერეკლე II და რუსეთის იმპერატრიცა ეკატერინე II შორის დადებულს პოლიტიკურ ტრაქტატში, მაგრამ სამწუხაროდ გაცრუებულ იმედების ამარად დარჩენილი ჩემი სამშობლო 117 წლის განმავლობაში რუსეთის ბიუროკრატებისაგან განიცდიდა მხოლოდ მწვავე დესპოტიასა და აუტანელ შევიწროებას. ამიტომ, 1917 წელს, დაირღვა თუ არა რუსეთის იმპერიის ხელოვნური მთლიანობა, ქართველმა ერმა გამოაცხადა დამოუკიდებლობა და დაუყოვნებლივ ხელი მოჰკიდა თავისი პოლიტიკურისა და კულტურული ცხოვრების რესტავრაციას. მიუხედავად იმისა, რომ ამ მუშაობაში მას აფერხებდნენ შინაური და გარეშე მტრები, მაგრამ გამოიჩინა ისეთი ნიჭი და ეროვნული შემოქმედებითი ენერგია, რომ 3 წლის შემდეგ განათლებულმა ევროპამ სცნო მისი სახელმწიფოებრივი უნარი და ადგილი უბოძა საქართველოს  – დამოუკიდებელ სუვერენულ პოლიტიკურ ერთეულთა შორის. რასაკვირველია, ამას ვერ შეურიგდებოდა მისი ბატონი, მცირე ერთა მჩაგვრელი რუსეთი: მან დასძრა საქართველოს საზღვრებისაკენ საოკუპაციო არმია და 1921 წლის 25 თებერვალს, უსწორო ბრძოლაში სისხლისაგან დაცლილ პატარა საქართველოს ხელმეორედ დაადგა კისერზე ისეთი მძიმე და სამარცხვინო მონობის უღელი, რომლის მსგავსი მას არ განუცდია თავის მრავალსაუკუნოვან ისტორიაში. ოკუპანტები, მართალია, ლამობენ შინ და გარეთ ყველანი დაიმოწმონ, რომ მათ გაათავისუფლეს და გააბედნიერეს საქართველო, მაგრამ, თუ რა ბედნიერათა გრძნობს თავს ქართველი ერი, ეს ყველაზე უკეთ ვუწყი მე, მისმა სულიერმა მამამ და დღეს-დღეობით ერთადერთმა ნამდვილმა მოძღვარმა, რომლის ხელშიცაა ამ ერის გულიდან გამომავალი იდუმალი ძაფები და რომელსაც უშუალოდ ესმის მისი კვნესა და ვაება. თამამად და გაუზვიადებლად ვამბობ, რომ ის ყოვლად შეუფერებელი ექსპერიმენტები, რომელსაც ამ უკანასკნელ წლებში ახდენენ ქართველი ერის ზურგზე, აუცილებლად მიიყვანს მას ფიზიკურად გადაშენების და სულიერად გავერანების და გახრწნის კარამდე, – ერს ართმევენ მამა-პაპათა სისხლით და ძვლებით გაპოხიერებულ მიწა-წყალს, რომელსაც უცხოეთიდან შემოხიზნულთ ურიგებენ: მათი წყალობით ისედაც გაღატაკებულ ერს – პირიდან ჰგლეჯენ მისი სისხლითა და ოფლით მოწეულ სარჩოს და გაუგებარის სიჩქარით იმავე უცხოეთში მიეზიდებიან, ერს უგმობენ და ართმევენ მშობლიურ ენას, მას უზღუდავენ წმიდათა წმიდას – სარწმუნოებრივ გრძნობას და სინდისის თავისუფლების დროშის ქვეშ ნებას არ აძლევენ თავისუფლად დაიკმაყოფილოს რელიგიური მოთხოვნილება, მისი სამღვდელოება უკიდურესად დევნილია, მისი ეკლესია – ეს ძველის ძველთავე ფაქტორი საქართველოს ეროვნული სახელმწიფოებრივი ამაღლებისა და ძლიერებისა – დღეს უფლება აყრილია იმდენად, რომ ნებაც არა აქვს თავისი შრომით, გარჯილობით და უნარით მოიპოვოს მუდმივი სახსარი არსებობისა. ერთი სიტყვით, ერი კვნესის, ერი გმინავს, მაგრამ საშუალება არა აქვს ხმის ამოღებისა, ამ პირობებში ჩემს მწყემსმთავრულ მოვალეობათა ვრაცხ კულტურული კაცობრიობის გასაგონათ ეთქვა: მე, როგორც ეკლესიის წარმომადგენელი, არ შევდივარ პოლიტიკური ცხოვრების სხვადასხვა ფორმების დაფასებასა და რეგლამენტაციაში, მაგრამ არ შემიძლია არ ვისურვო ჩემი ერისათვის ისეთი წყობილება, რომელიც შედარებით უფრო მეტად შეუწყობს ხელს მის ფიზიკურ აღორძინებას და კულტურულად განვითარებას. ამიტომ ვითხოვ: 1) დაუყოვნებლივ გაყვანილ იქმნეს საქართველოს საზღვრებიდან რუსეთის საოკუპაციო ჯარი და უზრუნველყოფილ იქმნეს მისი მიწა-წყალი უცხოელთა თარეშობისა და მძლავრობა-მოტაცებისაგან. 2) საშუალება მიეცეს ქართველ ერს თვითონ, სხვათა ძალდაუტანებლივ და უკარნახოდ, მოაწყოს თავისი ცხოვრება ისე, როგორც ეს მას უნდა, შეიმუშაოს ისეთი ფორმები სოციალ-პოლიტიკური ცხოვრებისა, როგორც მის ფსიქიკას, სულისკვეთებას, ზნე-ჩვეულებას და ეროვნულ კულტურას შეესაბამება.

სრული იმედი მაქვს, რომ მაღალ პატივცემული კონფერენცია, რომელსაც მიზნად დაუსახავს გაარკვიოს უდიდესი პრობლემები კაცობრიობის ცხოვრებისა და დაამყაროს ქვეყანაზე სამართლიანობა და თავისუფლება, არ უგულებელყოფს პატარა საქართველოს ელემენტარულ მოთხოვნილებას, დღეს ჩემი პირით წარმოთქმულს, და დაიხსნის მას ძალმომრეობისა და სამარცხვინო მონობის კლანჭებიდან. კურთხევა უფლისა იყოს თვენზედა და თქვენს კეთილშობილურ მისწრაფებასა და მუშაობაზე. მდაბალი ამბროსი პატრიარქი სრულიად საქართველოისა. 7 თებერვალი. თბილისი”.243 ( საქმე, ფ. 124-125)

აღნიშნული მოწოდება მოთავსებული იყო იმავე წელში მაისში გენუის გაზეთ “კაფარს”-ში,244 ( ს. ფ. 102–104)O რომლის შინაარსი წინასწარ გამოძიებაზე დაადასტურა და თავისი ხელით დასწერა კათოლიკოზმა ამბროსიმ. ამის გამო საქართველოს საგანგებო კომისიის მიერ მოხდენილ წინასწარ გამოძიებით გამოირკვა, რომ, გარდა კათოლიკოზ ამბროსისა, გენუის კონფერენციისადმი მიმართულ მოწოდების შედგენაში მონაწილეობას იღებდნენ საკათალიკოზო საბჭოს წევრნი: კალისტრატე ცინცაძე და სხვანი.245 ( კ. პ. კალისტრატე ცინცაძე “მწარე მოგონებანი….”ხელნაწერი, გვ. 15)

მემორანდუმის გაგზავნის შემდეგ მთავრობამ წამოიწყო შესაბამისი ღონისძიებანი ეკლესიის შინაგანი დანაწევრებისა და დასუსტების მიზნით, ამიტომაც ხელისუფლება ხელს უწყობდა ე.წ. `საეკლესიო ცხოვრების რეფორმატორებს~. სასულიერო პირთა ერთი ნაწილი რუსეთში ოპოზიციაში ჩაუდგა რუსეთის საპატრიარქო ხელისუფლებას, ისინი მოითხოვდნენ საეკლესიო ცხოვრების რეფორმას, სინამდვილეში კი ხელისუფლება მათი ხელით ცდილობდა ეკლესიის დასუსტებას, კათალიკოს-პატრიარქ კალისტრატეს მოგონებებიდან ჩანს, რომ რუსეთის ე.წ. `ცოცხალი ეკლესია” ემუქრებოდა საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალიას, რადგანაც ამ `ცოცხალი ეკლესიის~ წევრი ქართველი სასულიერო პირები (რეფორმატორები) უშუალოდ ექცეოდნენ ამ ახალი რუსული ეკლესიის იურისდიქციის ქვეშ. მათ, როგორც ითქვა, საქართველოს ხელისუფლება მფარველობდა. ამიტომაც, საქართველოს ეკლესიის ხელმძღვანელებმა მიიღეს გადაწყვეტილება თვითონვე მიეხედათ საეკლესიო რეფორმების პრობლემებისათვის.

1922 წ. 19 ოქტომბერს საკათალიკოსო საბჭომ დაადგინა: “1. ცნობილ იქნას პრინციპულად, რომ საქართველოს ეკლესიას ესაჭიროება შეიტანოს თავის წყობილებაში თანამედროვე ცხოვრების შესაფერისი ცვლი-ლებები და ამ ცვლილებათა ცხოვრებაში უმტკივნეულოდ ტარებისათვის მას შესწევს საკუთარი ძალ-ღონე”.  ( ს. ვარდოსანიძე, საქართველოს მართმადიდებელი ეკლესია, 1927-1952 წლებძში, გვ. 34) საბჭომ დასახა შესაბამისი ღონისძიებანი, ჩართო მასში ეპარქიათა მღვდელმთავრები.
1923 წლიდან დაიხურა 600-ზე მეტი ეკლესია, კათალიკოს-პატრიარქი ამბროსი სისტემატურად დაჰყავდათ “ჩეკაში”  დაკითხვაზე, იგი გამოასახლეს საკათალიკოსო რეზიდენციიდან, 1923 წლის 12 იანვარს იგი დააპატიმრეს; პატრიარქთან ერთად დააპატიმრეს საკათალიკოსო საბჭოს წევრები: დეკანოზები – კალისტრატე ცინცაძე, იოსებ მირიანაშვილი, მარტში დააპატიმრეს დეკ. მარკოზ ტყემალაძე. 1923 წლის იანვარში საკათალიკოსო საბჭომ მუშაობა შეწყვიტა.

დაპატიმრების წინა დღეს 1923 წლის 11 იანვარს პატრიარქი ამბროსი შეხვდა საკათალიკოსო საბჭოს და მიიღო გადაწყვეტილება შემოეღო საქართველოს ეკლესიის დროებითი მმართველობა, რომელსაც თავმჯდომარედ დაენიშნა ურბნელი ეპისკოპოსი ქრისტეფორე. დაპატიმრებული იყვნენ მიტროპოლიტი ნაზარ ლეჟავა, არქიმანდრიტი პავლე ჯაფარიძე, დიაკვანი დიმიტრი ლაზარიშვილი, მღვდელი ანტონ თოთიბაძე, ნიკოლოზ არჯევანიძე, ნიკოლოზ თავდგირიძე.

საქართველოს ეკლესიის დროებით მმართვე-ლობაში იყვნენ ურბნელი ქრისტეფორე ციცქიშვილი, ეპისკოპოსი დავით კაჭახიძე, მღვდლები სვიმონ ჭელიძე, ნესტორ ყუბანეიშვილი, საერო პირები პარმენ გოთუა, ივანე რატიშვილი, იპოლიტე ვართაგავა, ეს იყო საკათალიკოსო საბჭოს ახალი ჩანასახი, დეკანოზ გიორგი გამრეკელთან ერთად. კათალიკოს-პატრიარქი კალისტრატე ამ ჯგუფს უწოდებდა “საკათალიკოსო საბჭო 2”, განსხვავებით “საკათალიკოსო საბჭო #1″ისაგან, რომელიც ამ დროს დაპატიმრებული იყო.247 (კ. პ. კალისრტა “მწარე მოგონებანი”. ხელნაწერი, გვ. 2