გვიან შუა საუკუნეებში აფხაზეთში მიმდინარე ეთნოპოლიტიკურმა პროცესებმა _ მთის ჩამოწოლა, გარეშე მტრების შემოსევები, ფეოდალური შინაომები და სხვა, _ მხარის კულტურული განვითარება შეაფერხა და ქართული სამყაროსაგან აფხაზთა გარკვეული ,,გაუცხოება” გამოიწვია. ეს, უპირველეს ყოვლისა, ქრისტიანობის მისუსტებასა და წარმართობის აღორძინებაში გამოიხატა. XV საუკუნის 70იან წლებში შედგენილ ძეგლში ,,მცნება სასჯულო” პირველად გამოჩნდა ქართული სამყაროსაგან აფხაზთა ,,გაუცხოების” კვალი: ,,აფხაზეთი ქრისტეანობისაგან სრულიად მიდრეკილ იყუნეს, ქრისტეს მცნებათაგან განშორებულ იყუნეს”.   იმავე ხანებში შედგენილ კიდევ ერთ დოკუმენტში ნათლადაა ნაჩვენები აფხაზეთში შექმნილი ვითარება: ,,მას ჟამსა უღმთოდ და უსჯულოებად მიიქცეს აფხაზნი”ო და ,,აფხაზთა გარყუნეს სჯული და კათალიკოზობა”.  ქართული ეკლესია აფხაზეთში თანდათან თმობდა პოზიციებს. ნიშანდობლივია, რომ XVI საუკუნის II ნახევარში აფხაზეთის (დასავლეთ საქართველოს) კათალიკოსის რეზიდენცია ბიჭვინთიდან გელათში გადაიტანეს.

1681 წელს აფხაზთა მიერ ოდიშის სამთავროს ჩრდილოდასავლეთ ნაწილის, მდ. კელასურსა და მდ. ღალიძგას შორის, მიტაცების შემდეგ დრანდისა და მოქვის საეპისკოპოსოები გაუქმდა. ამდენად, აფხაზთა მიერ მიტაცებულ ტერიტორიაზე ქრისტიანული ეკლესიის ფუნქციონირება შეუძლებელი გახდა. მოგვიანებით, XVIII საუკუნის 60იან წლების მიწურულს, აფხაზთა მძლავრობის გამო, ოდიშის სამთავროს ჩრდილოდასავლეთ ნაწილში, სამურზაყანოში, ბედიის კათედრაც მოიშალა.

XVIII საუკუნეში აფხაზეთში, რომელიც მოიცავდა ტერიტორიას მდ. ბზიფსა და მდ. ღალიძგას შორის, ქრისტიანობა სულს ღაფავს, აღორძინებულია წარმართობა, ვრცელდება ისლამიც. დასავლეთ საქართველოს კათალიკოსები და ეპისკოპოსები აფხაზეთში ქრისტიანობის აღორძინებისათვის ზრუნავდნენ, თუმცა ამას მაშინდელ პირობებში არსებითი შედეგი არ მოჰყოლია. სულხანსაბა ორბელიანის მიერ საფრანგეთის მეფის ლუი XIVის (1643-1714) სახელზე შედგენილ  მემორანდუმში (1714 წ.) აფხაზეთის კათალიკოსის გრიგოლ ლორთქიფანიძის (1696-1742) თხოვნით შევიდა პუნქტი კათოლიკე მისიონერების გაგზავნის შესახებ ჩერქეზეთსა და აფხაზეთში, დასავლეთ კავკასიაში ქრისტიანობის ასაღორძინებლად.  თუმცა მათი ჩამოყვანა მაშინ ვერ მოხერხდა.

დრანდის, მოქვის, ბედიის ეპარქიების გაუქმების შემდეგ, მიტროპოლიტი გრიგოლ ცაიშელი (1777-1823) ბევრს იღვწოდა ქრისტიანობის გავრცელებისათვის აფხაზეთში, ბევრიც მონათლა და ეპარქია წარმართთა აოხრებისაგან ბევრჯერ დაიფარა. XVIII ს. მიწურულს იგი ანდერძში აღნიშნავდა: ,,გულმოდგინებით მაქვნდა აფხაზეთის ერნი გარდაქცეულნი სარწმუნოებისაგან, რომელიც ხელმისაწთომელ იყო ჩემ მიერ იგინი მომეყვანა სარწმუნოებად და მრავალნიცა მოქცეული იქმნენ და მონათლულ. სიფრთხილითა და ღვაწლითაცა ჩემითა დავფარე მრავალგზის წარტყვევნისაგან წარმართთასა საეკლესიო მამული და საეპარხიოცა”.  მიუხედავად იმისა, რომ აფხაზეთში ამ დროს მძლავრობდა წარმართობა და ისლამი, აფხაზები კრძალვით ეპყრობოდნენ ქრისტიანულ საკულტო ძეგლებსა და რელიკვიებს. ფრანგი მოგზაურის ჟ.ფ. გამბას ცნობით, აფხაზები ეთაყვანებიან ქვის ჯვრებსა და ეკლესიებს, რომლებიც მრავლადაა მათ ქვეყანაში. ქრისტიანული ტაძრები, სადაც მათი წინაპრები საუკუნეების განმავლობაში ქრისტიანულ რიტუალებს ასრულებდნენ, აფხაზებს არ შეუბღალავთ. აფხაზები და მეგრელები განსაკუთრებულ თაყვანს სცემენ ილორის ეკლესიას, რომელიც სამეგრელოაფხაზეთის საზღვარზეა და დაუსრულებლად შეუძლიათ ლაპარაკი აქ მომხდარი სასწაულების შესახებ. გამბას ცნობით, აფხაზების შიშისა და თაყვანისცემის ობიექტი იყო ბიჭვინთის ტაძარიც. ისინი ვერ ბედავდნენ ხელი ეხლოთ ტაძარში შემორჩენილი საეკლესიო ჭურჭლისა და წიგნებისათვის.

აფხაზეთში ქრისტიანობა უმთავრესად ოდიშის (სამეგრელოს) სამთავროს მომიჯნავე ნაწილში _ მდ. ღალიძგასა და მდ. კოდორს შორის იყო შემორჩენილი. მდ. კოდორიდან სოხუმამდე, და იქით მცხოვრებნი, მეტწილად მაჰმადიანები იყვნენ. ოდიშის სამთავროს დედოფალი ნინო ბაგრატიონიდადიანისა 1805 წელს წერდა: აფხაზეთში ,,გლეხნი… უმეტესნი ქრისტიანობენ და სწამთ ჯვარი და ხატი ჩვენი”ო.  ამასთან დაკავშირებით, საინტერესოა ჟ.ფ. გამბას ცნობა, რომ ,,ბევრმა აფხაზურმა ოჯახმა შემოინახა ქრისტიანობა. მათ წინაპრებად მეგრელები ითვლებიან”ო.  ფაქტობრივად, ეს ასეც იქნებოდა. აფხაზების მიერ მიტაცებული ოდიშის ჩრდილოდასავლეთი ნაწილის გააფხაზებულმა მოსახლეობამ, უმთავრესად გლეხობამ, შეინარჩუნა თავისი სარწმუნოება _ ქრისტიანობა.  ნინო ბაგრატიონი ასევე აღნიშნავდა, რომ მოქვის (აფხზეთი), ილორისა და ბედიის (ოდიში, სამურზაყანო) ეკლესიებში ღვთისმსახურება სრულდებოდა.

აფხაზეთის კათალიკოსის მაქსიმე აბაშიძის (1776-1795) დიპლომატიური მისიით რუსეთში გამგზავრების შემდეგ, 1784-1795 წწ. საკათალიკოსო საქმეებს ქუთათელი მიტროპოლიტი დოსითეოსი (წერეთელი) განაგებდა, ხოლო 1795 წლის  30 მაისს მაქსიმე კათალიკოსის კიევში გარდაცვალების შემდეგ დასავლეთ საქართველოს ეკლესიას სათავეში ის ოფიციალურად ჩაუდგა.

რუსეთის მიერ ქართლკახეთის სამეფოს დაპყრობის შემდეგ, ხელისუფლებას საქართველოს ეკლესიის ორგანიზაცია ხელს არ აძლევდა. მთავრობა ეკლესიისაგან მოსახლეობის სამეფო ტახტისა და არსებული პოლიტიკური რეჟიმის ერთგულებით აღზრდას მოითხოვდა. ასეთად საქართველოს ეკლესია ვერ გამოდგებოდა. ამასთან, ქვეყნის კოლონიზაციისა და მოსახლეობის ასიმილაციის ღონისძიებებთან, დამოუკიდებელი საეკლესიო ორგანიზაციის არსებობა მოუთმენელი იყო. ამიტომ საეკლესიო რეორგანიზაციის გატარება გადაწყდა. 1811 წელს საქართველოს ეკლასია რუსეთის სინოდს დაექვემდებარა და მის მმართველად საქართველოს ეგზარქოსი დაინიშნა. ამრიგად, საქართველოს ეკლესიის ავტოკეფალია გაუქმდა.  1814 წელს დასავლეთ საქართველოს დამოუკიდებელი საეკლესიო ორგანიზაციაც გაუქმდა და ის საქართველოს საეგზარქოსოს შეუერთდა. შეიქმნა ,,საქართველოიმერეთის სინოდალური კანტორა”, რომელსაც ,,საქართველოიმერეთის ეგზარქოსი” ხელმძღვანელობდა.

1810 წელს აფხაზეთის სამთავრო რუსეთის იმპერიის ,,მფარველობაში” შევიდა. რუსეთის ხელისუფლება და აფხაზეთის მთავარი ამ მხარეში პოზიციების განმტკიცების მიზნით ქრისტიანობის გავრცელებას ცდილობდნენ. ცარიზმი ქრისტიანობის მფარველობის დროშით ნიღბავდა დამპყრობლურ მიზნებს და კოლონიურ პოლიტიკას საქართველოსა და მთლიანად კავკასიაში. ქრისტიანობის გავრცელება რუსეთის პოლიტიკური გავლენის გავრცელებას მოასწავებდა. ამიტომ იყო, რომ აფხაზეთის სამთავროში ქრისტიანობის აღორძინებას ყურადღება მიექცა.

აფხაზეთში რუსეთის მფლობელობის დამყარების შემდეგ დეკანოზმა იოანე იოსელიანმა საკუთარი სახსრებით აღადგინა სამთავრო სახლის კარის ეკლესია ლიხნში – ღვთისმშობლის მიძინების ტაძარი, გამართა ღვთისმსახურება და მღვდლები გაამწესა, ამასთან მრავალი აფხაზიც მონათლა, მათ შორის, აფხაზეთის მთავრის გიორგი შარვაშიძის (1810-1821) ოჯახიც. ამასთანავე, 1810 წელს მან ლიხნში სასულიერო სასწავლებლის გახსნის თაობაზე საკითხი აღძრა. ის იმედს გამოთქვამდა, რომ ამ გზით აფხაზეთს ქრისტიანობის ნათელი კვლავ მოეფინებოდა, თუმცა რთული პოლიტიკური ვითარების გამო ხელისუფლებამ ამ წინადადებას მხარი არ დაუჭირა.

1817 წლიდან სოხუმის ეკლესიაში მოღვაწეობდა მღვდელი სოლომონ ნადიროვი (ნადარეიშვილი), რომელიც ქრისტიანობას ქადაგებდა აფხაზებში და მრავალიც მონათლა. მის თბილ დამოკიდებულებას აფხაზებისადმი, დიდ გულმოდგინებას მათი გაქრისტიანების საქმეში, აფხაზეთის ახალგაზრდა მთავარი მიხეილ შარვაშიძე (1823-1864) 1823 წელს მაღალ შეფასებას აძლევდა. 1823-1824 წლებში სოლომონ ნადარეიშვილმა ლიხნსა და ბიჭვინთაში 62 წარმართი და მაჰმადიანი აფხაზი მონათლა.  მაგრამ 20იანი წლების დასაწყისში აფხაზეთში განვითარებულმა პოლიტიკურმა მოვლენებმა აფხაზთა გაქრისტიანების პროცესი გარკვეული ხნით შეაფერხა.

1821 წლიდან ლიხნში ნაყოფიერ მოღვაწეობას ეწეოდა მღვდელი იოანე ქავთარაძე, რომელმაც ადგილობრივი მოსახლეობის სიყვარული და პატივისცემა დაიმსახურა. მალე იგი ლიხნის ეკლესიის დეკანოზი გახდა. 1823 წელს მან საქართველოს ეგზარქოსს, მიტროპოლიტ იონას (1821-1832) სთხოვა მის დასახმარებლად რომელიმე მღვდელმონაზონი და საეკლესიო ლიტერატურა გამოეგზავნა. იმ ფორმალური მოტივით, რომ აფხაზეთის სამთავრო ჯერ კიდევ არ შედიოდა მის გამგებლობაში, ეგზარქოსმა თხოვნის შესრულებაზე უარი შეუთვალა. 20იანი წლების დასაწყისში აფხაზეთის არქიმანდრიტმა იოანე იოსელიანმა, მთავრის სულიერმა მოძღვარმა სიმონ ჟორდანიამ, მღვდელმა იოანე ქავთარაძემ 150მდე აფხაზი მონათლეს.

მისიონერული საქმიანობის პირველმა წარმატებებმა აფხაზეთში ნათლად აჩვენა, რომ არც ეკლესიები  და არც სამღვდელოება ამ მხარეში საკმარისად არ იყო, ხოლო ,,სამკალი ფრიად” იყო. მთავარმართებელი ა. ერმოლოვი (1817-1827) საქართველოს ეგზარქოსს, მიტროპოლიტ იონას 1823 წლის 12 მაისს წერდა, რომ აფხაზეთის მთელი სამღვდელოება ერთი არქიმანდრიტისა და ერთი დეკანოზისაგან შედგებოდა; საეკლესიო მამულები იქ არ იყო. მან იმერეთის მმართველს, გენერალმაიორ პ. გორჩაკოვს (1820-1825) სთხოვა, სამეგრელოს მთავარს დაეთანხმებინა სამთავროს რომელიმე ეპისკოპოსი, აფხაზეთში ჩასულიყო და ლიხნის ტაძარი ეკურთხებინა. გრიგოლ ცაიშელმა გამგზავრება ვერ შეძლო, ამიტომ 1823 წლის 10 ივლისს აფხაზეთში ცაგერელი მიტროპოლიტი იოანე (დადიანი) ჩავიდა და ლიხნის ტაძარი აკურთხა. იოანე ცაგერელმა ლიხნში ყოფნისას 26 აფხაზიც მონათლა. 

1822 წელს ,,ოსეთის სასულიერო კომისიამ”, რომელიც ოსეთში ქრისტიანობის აღდგენის მიზნით 1745 წელს შეიქმნა, სურვილი გამოთქვა თავისი საქმიანობა აფხაზეთშიც გაევრცელებინა. მთავარმართებელმა ა. ერმოლოვმა არ გაიზიარა ,,ოსეთის სასულიერო კომისიისა” და პირადად მისი მეთაურის, საქართველოს ეგზარქოს იონას სურვილი, რადგან, მისი აზრით, არამყარი პოლიტიკური ვითარება აფხაზეთში, ხშირი მღელვარებები, ამ მხარეში სასულიერო პირთა მოღვაწეობას ხელს შეუშლიდა. თუმცა სამეგრელოს სამთავროს სამღვდელოება აფხაზეთში მისიონერულ მოღვაწეობას ეწეოდა და რუსული ადმინისტრაცია ხელს არ უშლიდა. ხელისუფლება, გარდა მისიონერული საქმიანობისა, აფხაზეთში არსებული ეკლესიების აღდგენაზეც ზრუნავდა. იმპერატორმა მთავარმართებელს დაავალა მზრუნველობა გამოეჩინა ბიჭვინთის დანგრეული ტაძრის აღდგენაზე. კავკასიის რუსული ადმინისტრაცია ფიქრობდა, რომ არსებული პოლიტიკური ვითარების პირობებში საეჭვოდ მიაჩნდა იმპერატორის დავალების დაუყოვნებლივ შესრულება, მაგრამ 1821 წლის სექტემბერში იმერეთის მმართველს, პ. გორჩაკოვს, მონასტრის აღდგენისათვის გეგმის შედგენა მაინც დაევალა. 1821-1824 წწ. ხელისუფლება ლიხნის ღვთისმშობლის მიძინების ტაძრის აღდგენასაც შეეცადა.  მაგრამ ეს მცდელობები აფხაზთა 1824 წლის ანტირუსულმა აჯანყებამ ჩაშალა.

იმერეთის 1819-1820 წწ.  აჯანყების ჩახშობის შემდეგ, ხელისუფლება დასავლეთ საქართველოში საეკლესიო რეფორმის გატარებას მეტი ენერგიით შეუდგა. 1821 წელს გაუქმდა ქუთაისის, გაენათის, ხონის, რაჭის ეპარქიები და მათ ნაცვლად იმერეთის ეპარქია შეიქმნა. ამ დროისათვის სამეგრელოში სამი ეპარქია იყო: ჭყონდიდის, ცაიშის და ცაგერის. ხელისუფლება ხელსაყრელ დროს უცდიდა სამეგრელოს ახალი საეკლესიო მოწყობისათვის და ეს დროც მალე დადგა. 1823 წლის 15 ნოემბერს მიტროპოლიტი გრიგოლ ცაიშელი (1777-1823), ხოლო 8 დეკემბერს მიტროპოლიტი იოანე ცაგერელი (1796-1823) გარდაიცვალა. ეგზარქოსმა ეს დრო ხელსაყრელად ჩათვალა ამ ეპარქიების გასაუქმებლად და ისინი ჭყონდიდის ეპარქიას შეუერთა, რომელსაც მიტროპოლიტი ბესარიონი (1796-1828) განაგებდა. ცაიშის ეპარქიის გაუქმების შემდეგ, აფხაზეთი ჭყონდიდის ეპარქიაში შედიოდა, რომელსაც მოგვიანებით, 1829 წელს, სამეგრელოს ეპარქია ეწოდა.

ქრისტიანობის სავალალო მდგომარეობა აფხაზეთში მისიონერობის სწორ ორგანიზაციას მოითხოვდა. ეს შესაძლებელი გახდა მას შემდეგ, რაც რუსეთის ჯარის ნაწილებმა 1830 წლის ზაფხულში აფხაზეთის სანაპირო პუნქტები _ ბამბორა, ბიჭვინთა და გაგრა დაიკავეს და რუსეთის ხელისუფლება ამ მხარეში შედარებით განმტკიცდა.

30იან წლებში აფხაზეთში  რუსეთის ხელისუფლების შედარებით განმტკიცების შემდეგ აქ ქართველ სასულიერო პირთა მისიონერული მოღვაწეობა გაიშალა, რომლის აუცილებლობასაც ამ მხარეში ქრისტიანობის სავალალო მდგომარეობა განაპირობებდა. სამთავროში ქრისტიანობის გავრცელების მნიშვნელობა მისი ხელისუფლების განმტკიცებისათვის მიხეილ შარვაშიძეს კარგად ესმოდა. 1831 წელს  იმერეთის მმართველისადმი წერილში იგი აღნიშნავდა, რომ მისი ქვეშევრდომების დიდი ნაწილი მაჰმადიანი იყო; მათზე უარყოფით გავლენას ახდენდნენ ჩერქეზები; ისინი წინააღმდეგობას უწევდნენ რუსეთის მთავრობისა და მთავრის ღონისძიებებს, რომლებიც ამ მხარეში სიმშვიდის უზრუნველყოფისაკენ იყო მიმართული. რათა აფხაზები ჩერქეზების მავნე ზეგავლენისაგან ჩამოეშორებინა, მთავარს აუცილებლად მიაჩნდა მათი გაქრისტიანება. ამ მიზნით, ის წინადადებას აყენებდა აფხაზეთში შექმნილიყო ცალკე ეპარქია და მღვდელმთავრად მისი ნათესავი, ცაგერის მონასტრის წინამძღვარი, იღუმენი ანტონ დადიანი დაენიშნათ. მთავარი წერდა, რომ ანტონ დადიანს პატივს სცემდნენ როგორც წარმოშობის, ისე მისი წოდებისა და შესანიშნავი თვისებების გამო, მან შესანიშნავად იცოდა თავისი საქმე და ადგილობრივი ენა. იგი იმედს გამოთქვამდა, რომ ის აფხაზეთში ბევრ სასიკეთო საქმეს გააკეთებდა. 

კავკასიის ჯარების მთავარსარდლის მოვალეობის შემსრულებელმა და საქართველოს სამოქალაქო ნაწილის უფროსმა, გენერალლეიტენანტმა ნ. პანკრატიევმა საქართველოს ეგზარქოსს, მიტროპოლიტ იონას სთხოვა აფხაზეთის მთავრის თხოვნასთან დაკავშირებით აზრი გამოეთქვა. ამასთან დაკავშირებით, სინოდალურმა კანტორამ სამეგრელოს ეპარქიის მმართველს, მიტროპოლიტ დავითს (1829-1834) სთხოვა მიეწოდებინა ცნობები აფხაზეთში არსებული ეკლესიებისა და მღვდელმსახურთა რაოდენობის თაობაზე. 1831 წლის 5 ნოემბერს მიტროპოლიტმა დავითმა (წერეთელი) სინოდალურ კანტორას აცნობა, რომ აფხაზეთის მოსახლეობის უდიდესი უმრავლესობა მაჰმადიანი იყო და მხოლოდ ერთი ეკლესია ფუნქციონირებდა ლიხნში, სადაც ღვთისმსახურებას მისი ეპარქიის მღვდელი სიმონ ჟორდანია ეწეოდა. 

იმის გამო, რომ აფხაზეთში ეკლესიებისა და მრევლის რაოდენობა უმნიშვნელო იყო, სინოდალურმა კანტორამ აფხაზეთის მთავრის თხოვნის დაკმაყოფილებაზე  უარი თქვა, ამასთან აფხაზეთში მისიონერული მოღვაწეობის გასაშლელად სამეგრელოს ეპარქიიდან მღვდლების გაგზავნა მიზანშეწონილად ჩათვალა. რუსეთის ხელისუფლება თვლიდა, რომ სასურველი იყო აფხაზეთში მისიონერული საქმიანობისათვის თავდაპირველად ქართველი სასულიერო პირები გამოეყენებინათ. ამ საკითხის განხილვის შემდეგ სინოდმა დაადგინა იღუმენი ანტონი (დადიანი) არქიმანდრიტის ხარისხში აემაღლებინათ, მიეცათ მისთვის ერთი მონასტერი სამეგრელოში და მის უმთავრეს მოვალეობად აფხაზეთში ურწმუნოთა გაქრისტიანება განესაზღვრათ.  1833 წლის 12 თებერვალს საქართველოს ეგზარქოსმა, მთავარეპისკოპოსმა მოსემ (1832-1834) ცაგერის მონასტრის წინამძღვარი, იღუმენი ანტონი (დადიანი) არქიმანდრიტად აკურთხა. მომდევნო წლის დასაწყისში არქიმანდრიტი ანტონი აფხაზეთში ჩავიდა და მისიონერულ მოღვაწეობას შეუდგა. ეგზარქოსმა მის თანაშემწეებად დანიშნა ცაგერის ღვთისმშობლის მიძინების ტაძრის იღუმენი დავითი (ახვლედიანი), მარტვილის ღვთისმშობლის მიძინების ტაძრის მღვდელი სიმონი (ჟორდანია), ცაგერის ტაძრის მღვდელმონაზონი თეოფანე (გაბუნია).

1834 წლის გაზაფხულიდან არქიმანდრიტი ანტონი და მისი თანაშემწეები აქტიურ მისიონერულ მოღვაწეობას შეუდგნენ აფხაზეთში, ჯერ ლიხნში, რაც იმით იყო გამოწვეული, რომ აქ ცხოვრობდა მთავრის ოჯახი და მის მხარდაჭერას ამ საქმეში დიდი მნიშვნელობა ჰქონდა; ამასთან, ქრისტიანობა აქ ჯერ კიდევ იყო შემორჩენილი და აქაური მოსახლეობა ადვილად ინათლებოდა. არქიმანდრიტი ანტონი აფხაზებთან ურთიერთობას დიდად უფრთხილდებოდა, მათი ნდობის მოპოვებას ცდილობდა, აფხაზურ სამრევლოებში აფხაზური ენის მცოდნე მღვდლებს აგზავნიდა. 1835 წელს მან სამეგრელოს ეპისკოპოსს სთხოვა მასთან გაეგზავნა ილორის ეკლესიის მღვდელი რომან მერჭულე, რომელიც არამარტო კარგი მღვდელი, არამედ აფხაზური ენის კარგი მცოდნეც იყო. აფხაზთა სასულიერო კადრების მომზადებას ის დიდ ყურადღებას აქცევდა. მისი აზრით, აფხაზი სასულიერო პირები სამეგრელოს სასულიერო სასწავლებელში _ მარტვილში უნდა მომზადებულიყვნენ. ამ სასწავლებელში მომზადებული აფხაზები შეძლებდნენ აფხაზეთში სასულიერო სასწავლებლის გახსნას და იქ მოღვაწეობას, მშობლიურ ენაზე ღვთისმსახურების შესრულებას. 

არქიმანდრიტ ანტონის (დადიანი) მისიონერული მოღვაწეობის დადებითი შედეგები მალე აშკარა გახდა. 1834 წლის მარტიდან მაისამდე მხოლოდ ლიხნში 155 კაცი მოინათლა. Bბზიფის ოლქში აფხაზთა გაქრისტიანებაში არქიმანდრიტ ანტონსა და მის თანაშემწეებს მთავრის დედამ თამარ შარვაშიძემ და თავადმა სალარუფ ინალიფამ დიდი დახმარება გაუწიეს. მისიონერები აბჟუის მხარეშიც მოღვაწეობდნენ. 1834 წელს კვიტოულში 156 კაცი მოინათლა, ტამიშში – 93, კინდღში – 72. მთლიანად აფხაზეთში მისიონერებმა პირველ წელს 554 აფხაზი მონათლეს. ეს პროცესი შემდგომ წლებშიც გაგრძელდა. 1835 წელს 784, ხოლო 1836 წელს 617 კაცი მოინათლა.  არსებობს 1834-1836 წლებში მონათლულთა სიები, რომლებიც ქართულ ენაზეა შედგენილი და დამოწმებულია მთავრის, მიხეილ შარვაშიძის ან მისი დედის თამარ დადიანის მიერ. ეს სიები შესანიშნავი წყაროა XIX საუკუნის 30იანი წლების აფხაზეთის ტოპონიმიკის, მოსახლეობის ეთნიკური შემადგენლობის  და სხვ. შესასწავლად.  ამ სიებიდან კარგად ჩანს, რომ ბზიფის მხარეში ძირითადად აფხაზური გვარები ჭარბობდა, თუმცა საკმაოდ ბევრი იყო ქართული (მეგრული) გვარებიც, როგორც ჩანს, ესენი გააფხაზებული ქართველები იყვნენ; აბჟუაში უფრო მეტი ქართული (მეგრული) გვარები გვხვდება.

ამავე ხანებში აფხაზეთში აიგო ხის ან ქვის ეკლესიები, გამწესდა მღვდლები. 1836 წელს ეკლესიები აიგო: ეშქითში _ ღვთისმშობლის, ტამიშში _ წმ. ნიკოლოზის, შქაწყარში _ ღვთისმშობლის შობის და სხვ.

30იანი წლების მეორე ნახევარში მისიონერული მუშაობა შეფერხდა, რაც რამდენიმე ფაქტორით იყო გამოწვეული. სამეგრელოდან და ლეჩხუმიდან ჩამოსული სასულიერო პირები ციებით დაავადდნენ, რითაც ხელი ეშლებოდათ საქმიანობაში; თუ პირველ წლებში სანაპირო ზოლის მოსახლეობა გაქრისტიანდა, ახლა ჯერი მთიან სოფლებზე მიდგა. სანაპირო ზოლის მოსახლეობის დიდი ნაწილი ძირითადად გააფხაზებული ქართველებისაგან შედგებოდა, რომელთაც დიდად არ ეუცხოებოდათ მამაპაპათა სარწმუნოებისაკენ მობრუნება, ამასთან ისინი აქ შემორჩენილი მიტოვებული თუ დანგრეული ეკლესიების მიმართ ჯერაც მოკრძალებით იყვნენ გამსჭვალული; მთაში კი ცხოვრობდნენ არცთუ დიდი ხნის წინ ჩრდილოეთ კავკასიიდან ჩამოსახლებული წარმართი და მაჰმადიანი მთიელები, რომლებიც მისიონერებს აქტიურ წინააღმდეგობას უწევდნენ. ქრისტიანობის გავრცელება მათთვის მიუღებელი რუსული ხელისუფლების განმტკიცებას და თანამოძმე მთიელებთან კავშირის გაწყვეტას ნიშნავდა. ისინი ხვდებოდნენ, რომ ხელისუფლებას მათი გაქრისტიანება პოლიტიკური მიზნების მისაღწევად სურდა. ამიტომ სასტიკ წინააღმდეგობას უწევდნენ ქრისტიანობის გავრცელებას, უფრო მეტიც, ახალმონათლულთა კვლავ გამაჰმადიანებას ცდილობდნენ.  შექმნილი სიძნელეების თაობაზე არქიმანდრიტი ანტონი (დადიანი) ეგზარქოსს აუწყებდა: ,,უმეტეს და უმეტეს ძნელდების მონათვლა მათი. მიზეზთა ამით, რომელთა არიან მოსანათლავნი მთის ხალხი და უმეტეს მაჰმადიანობის მქონებელნი, და ამისათვის, თუცა არა ვრიდებთ თავსა ჩვენსა შრომასა, გარნა ძნელდების მოქცევა და მოყვანა მათი ჩვენთა მართალსა სარწმუნოებასა ზედა”.   1836 წლის 31 მარტს სამეგრელოს მთავარმა ლევან V დადიანმა (1805-1846) კავკასიის მთავარმართებელსა და კავკასიის კორპუსის მთავარსარდალს ბარონ გრ. როზენს (1831-1837) წერილით მიმართა. მისი აზრით, მისიონერული მოღვაწეობა აფხაზეთში დასახულ მიზანს ვერ მიაღწევდა. მას აეჭვებდა, რომ მთავრობის განზრახვა ,,საჭურვლითა ჯვარისათა” დაეძლია მთიელთა ურჩობა და დაუმორჩილებლობა, წარმატებას მიაღწევდა.  ამის შემდეგ რუსეთის ხელისუფლებამ მართლმადიდებლობის მეშვეობით აფხაზეთში იმპერიის პოზიციების განმტკიცების მცდელობას სამხედრო ძალის გამოყენებით მოქმედება არჩია. ამის შედეგი იყო სამხედრო ექსპედიციები აფხაზეთის მთის თემების _ წებელდა, დალი, ფსხუ, _ დასამორჩილებლად.

რთული პირობების მიუხედავად, ქართველი მისიონერები აფხაზეთში მოღვაწეობას კვლავ აგრძელებდნენ, თუმცა მისიონერული მოღვაწეობის შეფერხება ხელისუფლების წარმომადგენლებმა არქიმანდრიტ ანტონის (დადიანის) წინააღმდეგ საბაბად გამოიყენეს და მის თავიდან მოშორებას შეეცადნენ, რათა აფხაზეთის გარუსების საქმეში ხელი არ შეშლოდათ. ისინი განსაკუთრებით მას შემდეგ გააქტიურდნენ, რაც არქიმანდრიტმა ანტონმა (დადიანმა) ჯანმრთელობის გაუარესების გამო საქართველოს სხვა კუთხეში გამწესება ან საერთოდ, სამსახურიდან დათხოვნა ითხოვა. 1840 წლის 10 მარტს კავკასიის კორპუსის შტაბის უფროსი, გენერალმაიორი პ. კოცებუ საქართველოს ეგზარქოსს წერდა, რომ აფხაზეთში, ,,ამ ნახევრად ველურ მთიელთა შორის ჭეშმარიტი სარწმუნოების გასავრცელებლად” აუცილებელი იყო რუსი სასულიერო პირების დანიშვნა.  ამავე ხანებში, 1842 წლის 3 აპრილს, სამეგრელოს ეპისკოპოსი გიორგი (1838-1842) გარდაიცვალა და 1843 წლის 14 თებერვალს არქიმანდრიტი ანტონი (დადიანი) სამეგრელოს ეპისკოპოსად ეკურთხა.

აფხაზეთში რუსეთის პოზიციები უკვე საკმაოდ მყარი იყო და ამიტომ ხელისუფლება თავის პოლიტიკას დაპყრობილ მხარეში უკვე ნაკლებად ნიღბავდა. ქართველი არქიმანდრიტის რუსი ეპისკოპოსით შეცვლის საკითხის გადაწყვეტა დიდად იყო დამოკიდებული აფხაზეთის მთავრის მიხეილ შარვაშიძის პოზიციაზე, შეინარჩუნებდა თუ არა ის სარწმუნოებრივ, კულტურულ და პოლიტიკურ კავშირს ქართულ სამყაროსთან. მაშინ აფხაზეთის მთავარმა მტკიცედ განაცხადა: ,,მე მსურს ჩემს სამფლობელოში ანტონის წასვლის შემდეგ მის ადგილზე იყოს იღუმენი თეოფანე, რომელიც ანტონთან ერთად კარგად იცნობს აფხაზებს და თავისი კეთილგანწყობილებითა და გონიერი მიდგომით დაიმსახურა მათი პატივისცემა … მე მსურს ჩემი სამფლობელოს ეკლესია უშუალოდ დაექვემდებაროს სამეგრელოს ეპისკოპოს ანტონს”.  რუსეთის ხელისუფლება…აფხაზეთის მთავრის განაწყენებას მოერიდა და მისი სურვილი გაითვალისწინა. იღუმენი თეოფანე (გაბუნია) აფხაზეთში 1845 წლამდე მოღვაწეობდა. შემდეგ იგი იღუმენმა გერმანემ (გოგელაშვილი) შეცვალა.

40იანი წლების ბოლოს რუსეთის ხელისუფლება იმ დასკვნამდე მივიდა, რომ აფხაზეთში ცალკე ეპარქიის შექმნა აუცილებელი იყო. მიხეილ შარვაშიძესაც ძალიან სურდა აფხაზეთში სამღვდელმთავრო კათედრის შექმნა. მან შესაბამისი წინადადებით  საქართველოს ეგზარქოსს 1849 წელს მიმართა. იმპერატორის განკარგულებით, მართლმადიდებლური ქრისტიანობის აღორძინების მიზნით, 1851 წლის 30 აპრილს, აფხაზეთის ეპარქია შეიქმნა. 8 სექტემბერს, სიონის ტაძარში, აფხაზეთის ეპისკოპოსად ხელდასხმულ იქნა მიხეილ შარვაშიძის სულიერი მოძღვარი, არქიმანდრიტი გერმანე (გოგელაშვილი). 

რუსეთკავკასიის ომისა (1763-1864) და დასავლეთ კავკასიაში მიურიდიზმის შეღწევის მცდელობის ფონზე აფხაზეთში ქრისტიანობის გავრცელების მნიშვნელობა აშკარა იყო. აფხაზეთში ქართველი მისიონერების მოღვაწეობა კვლავ გრძელდებოდა. 1852 წელს აფხაზეთში პირველი სკოლა გაიხსნა _ ლიხნის სასულიერო სასწავლებელი, რასაც ამ მხარეში განათლების გავრცელების თვალსაზრისით დიდი მნიშვნელობა ჰქონდა. სასწავლებელი აფხაზეთის სასულიერო პირებისა და ადგილობრივ მკვიდრთა ყველა ფენის შვილების სწავლა-აღზრდისათვის იყო განკუთვნილი.  სხვა აფხაზ ბავშვებთან ერთად, მოგვიანებით,  სასწავლებელში აფხაზეთის მთავრის შვილი გიორგიც სწავლობდა. სასწავლებლის ფუნქციონირებას და ბავშვების შენახვას დიდი ამაგი დასდო სასწავლებლის ზედამხედველმა, იღუმენმა ალექსანდრემ (ოქროპირიძემ).

1857 წლის 2 ოქტომბერს ეპისკოპოსი გერმანე (გოგელაშვილი) იმერეთის კათედრაზე გადაიყვანეს, ხოლო 6 ოქტომბერს აფხაზეთის ეპისკოპოსად დავით გარეჯის უდაბნოს არქიმანდრიტი გერონტი (პაპიტაშვილი) ეკურთხა. ახალი მღვდელმთავრის აფხაზეთში ჩასვლამდე, 1857 წ. ოქტომბრიდან 1858 წ. იანვრამდე აფხაზეთის კათედრას არქიმანდრიტი ალექსანდრე (ოქროპირიძე) განაგებდა. 1859 წლის 17 ოქტომბერს ეპისკოპოსმა გერონტიმ აფხაზეთის ეპარქიაში მისიონერული მოღვაწეობა იღუმენ გრიგოლს (დადიანი) დააკისრა. იღუმენმა გრიგოლმა სოფლებში: ლიხნი, ებერნიხა, არხუა, რიუითა, ჩიგურხვა, კვასკემიწა და სხვ. მრავალი წარმართი და მაჰმადიანი აფხაზი მონათლა. 

1860 წლის 9 ივნისს ,,კავკასიაში მართლმადიდებელი ქრისტიანობის აღმდგენელი საზოგადოება” შეიქმნა, რომელიც ამ მხარეში მაჰმადიანობის წინააღმდეგ საბრძოლველად იყო მოწოდებული. ამ მიზნით მის ფარგლებში იყო გათვალისწინებული მისიონერული მუშაობა. საზოგადოების დროშით, მისიონერებისა და მართლმადიდებელი სამღვდელოების მონაწილეობით კავკასიაში მთიელთა აშკარა რუსიფიკაცია წარიმართა.  საზოგადოებამ მუშაობა აფხაზეთშიც გაშალა, სადაც სწრაფი ტემპით წარიმართა ეკლესიების აღდგენამშენებლობა. 1861 წელს საზოგადოებამ სოფ. ათარაში პირველი ეკლესია ააგო. შემდგომ წლებში ეკლესიების აღდგენამშენებლობა სწრაფი ტემპით წარიმართა.

ამავე ხანებში, 1862-1864 წლებში, მიხეილ შარვაშიძემ მოქვის ტაძარი აღადგინა,  რომელიც სამთავრო ოჯახის ძვალთშესალაგად აქცია. 1861 წელს აქ დაიკრძალა მთავრის მეუღლე ალექსანდრა (ცუცუ) დადიანიშარვაშიძისა, ხოლო 1866 წელს _ თვით მიხეილ შარვაშიძე.

1862 წლის 4 მარტს არქიმანდრიტი ალექსანდრე (ოქროპირიძე) სიონის ტაძარში აფხაზეთის ეპისკოპოსად ეკურთხა. ეპისკოპოსმა ალექსანდრემ (1862-1869) აფხაზეთში მართლმადიდებლობის პოზიციების შენარჩუნება და განმტკიცება შეძლო. მისი მეცადინეობითა და ბიჭვინთის ოლქის უფროსის დ. ჭავჭავაძის ძალისხმევით 1867 წელს სამი ათასამდე აფხაზის მონათვლა მოხერხდა. ეპისკოპოსი ალექსანდრე აფხაზ ყმაწვილებს საკუთარი სახსრებით ზრდიდა და სასულიერო განათლებას აძლევდა. 

1864 წლის ივლისში აფხაზეთის სამთავრო გაუქმდა და ამ მხარეში უშუალო რუსული მმართველობა დამყარდა. 1866 წელს  საკუთრივ აფხაზეთის (სოხუმის ოკრუგი), წებელდისა და სამურზაყანოს (ოქუმის ოკრუგი) შეერთებით სოხუმის სამხედრო განყოფილება შეიქმნა. აფხაზთა 1866 წლის აჯანყებისა და 1867 წლის მუჰაჯირობის შემდეგ სოხუმის სამხედრო განყოფილების უფროსმა, გენერალმაიორმა ვ. გეიმანმა ჩათვალა, რომ აფხაზეთის მოსახლეობის გარუსებისათვის ხელსაყრელი დრო დადგა. მას აფხაზეთში სამისიონერო საქმისაგან ქართული სამღვდელოების ჩამოშორება და მათი რუსი სამღვდელოებით შეცვლა სურდა. 1867 წელს ვ. გეიმანმა  მეფისნაცვალს ვრცელი მოხსენება წარუდგინა ,,აფხაზეთში ქრისტიანობის შესახებ”, სადაც აღნიშნავდა, რომ აფხაზეთის ეკლესიებში ღვთისმსახურება ,,გაუგებარ ქართულ ენაზე სრულდებოდა”. მოსახლეობის მცირერიცხოვნობის მოტივით იგი აფხაზეთის ეპარქიის გაუქმებისა და იმერეთის ეპისკოპოსისადმი დაქვემდებარების საკითხს აყენებდა. 1869 წლის 30 მაისს აფხაზეთის ეპარქია იმერეთის ეპარქიას შეუერთდა. 

იმერეთის ეპისკოპოსმა და აფხაზეთის ეპარქიის მმართველმა, ეპისკოპოსმა გაბრიელმა (ქიქოძე), წინამორბედი აფხაზეთის მღვდელმთავრების კურსი გააგრძელა. ეპისკოპოსი გაბრიელი ყოველწლიურად მოიხილავდა აფხაზეთის სამრევლოებს და, ამასთანავე, დიდ მისიონერულ მუშაობას ეწეოდა. 18691877 წწ. მისი ძალისხმევით 19 ათასამდე აფხაზი მოინათლა.  ყოველივე ამის შედეგად ხელისუფლებამ აფხაზეთის დაჩქარებული ასიმილაციის იმპერიული გეგმა ვერ განახორციელა.

1867 წელს, როდესაც აფხაზეთის ეპარქიის რეორგანიზაციის საკითხი დადგა, სოხუმის სამხედრო განყოფილებაში (აფხაზეთი) 31 ეკლესია და 33 მღვდელმსახური იყო. მათ შორის, სამურზაყანოში _ 15 ეკლესია და 15 მღვდელი, აბჟუის ოლქში _ 10 ეკლესია და 10 მღვდელი, აფხაზეთის ოლქში _ 1 ეკლესია (დრანდაში) და 1 მღვდელი, ბზიფის ოლქში 4 ეკლესია (მათ შორის, ერთი მშენებარე) და 7 მღვდელი. 

XIX საუკუნის 70იანი წლებიდან რუსეთის ხელისუფლებამ აფხაზეთის რუსიფიკაციის მიზნით ეკლესიის გამოყენება აქტიურად დაიწყო.  ამ დროიდან აფხაზეთში სამონასტრო კოლონიზაცია წარიმართა. 1872 წელს დაფუძნდა ბიჭვინთის რუსული მონასტერი, რომელსაც სარგებლობაში 1049 დესეტინა მიწის ნაკვეთი, ფიჭვნარი და ინკითის ტბა გადაეცა; 1875 წელს ფსირცხაში ათონის მთის წმ. პანტელეიმონის რუსული მონასტრის ფილიალი დაფუძნდა. მონასტერს თავიდან 327 დესეტინა მიწა და 200 დესეტინა ტყის მასივი, მოგვიანებით კიდევ 1000, ხოლო შემდგომში _ 4 ათასამდე დესეტინა მიწა გამოეყო.  ახალი ათონისა და ბიჭვინთის რუსული მონასტრები ამ მხარის მოსახლეობის გარუსების მნიშვნელოვან კერებს წარმოადგენდა.

1885 წელს სინოდმა გურიისა და სამეგრელოს ეპარქიები გააერთიანა, ხოლო აფხაზეთი სოხუმის საეპისკოპოსოს სახით ცალკე გამოყო. 1886 წლის დეკემბერში მოსკოვის ტროიცესერგიევოს ტაძარში არქიმანდრიტი გენადი (პავლინსკი) სოხუმის ეპისკოპოსად აკურთხეს. ამ დროიდან სოხუმის ეპისკოპოსებად ძირითადად რუსები ინიშნებოდნენ.

18831885 წლებში რუსმა ბერებმა დრანდის ტაძარი აღადგინეს და რუსული მამათა მონასტერი დააარსეს; 1893 წელს კამანის ეკლესია აღადგინეს და რუსული დედათა მონასტერი დააარსეს. იმავდროულად, XIX საუკუნის მიწურულსა და XX საუკუნის დასაწყისში ბიჭვინთის, ახალი ათონის სიმონ კანანელის, დრანდის, მოქვის, გაგრის და სხვა ეკლესიების აღდგენითი სამუშაოების შედეგად მათი თავდაპირველი ხუროთმოძღვრული სახე შეიცვალა, რაც ქართული არქიტექტურული სტილის შეცვლას ნიშნავდა.

რუსეთის კოლონიური და რუსიფიკატორული პოლიტიკა აფხაზების ქართული სამყაროსაგან და აფხაზეთის საქართველოსაგან ჩამოშორებას ისახავდა მიზნად. უწმიდესი სინოდის განკარგულებით, ღვთისმსახურება აფხაზეთის ტაძრებში საეკლესიოსლავურ ენაზე უნდა აღესრულებინათ.  ნიშანდობლივია, რომ 1890 წლისათვის სოხუმში სამ ეკლესიაში სრულდებოდა ღვთისმსახურება. მათ შორის, ორი რუსული იყო, მხოლოდ ერთში, სასაფლაოს ეკლესიაში სრულდებოდა ღვთისმსახურება ქართულად და ესეც აიკრძალა; გუდაუთაში, სადაც 146 აფხაზი, 600მდე ქართველი და 50მდე სომეხი და რუსი ცხოვრობდა, ღვთისმსახურება მხოლოდ რუსულ ენაზე სრულდებოდა.

სულ მალე, რუსეთის ხელისუფლებამ არასაკმარისად მიიჩნია საეკლესიო სფეროში გატარებული ღონისძიებები და გადაწყვიტა აფხაზეთი ქართული ქრისტიანული ორგანიზმისაგან საერთოდ ჩამოეშორებინა. 900იანი წლების დასაწყისში უკვე სოხუმის ეპარქიის საქართველოს საეგზარქოსოსაგან გამოყოფისა და  სტავროპოლის ეპარქიასთან შეერთების საკითხი დადგა, თუმცა რუსეთის ხელისუფლებამ აფხაზეთის საზოგადოების მტკიცე პროტესტის გამო ამის განხორციელება ვერ მოახერხა. კავკასიის კოლონიზაციის იდეოლოგი ა. ვერეშჩაგინი ჯერ კიდევ 1878 წელს აღნიშნავდა: ,,…შავი ზღვის კავკასიის სანაპიროზე, როგორც სახელმწიფოს განაპირა მხარეში, რომელიც ასე ბევრი რუსული სისხლი და ფული დაჯდა, სამართლიანად უნდა ბატონობდნენ რუსული ეკლესია, რუსული ენა, რუსული წერაკითხვა”.   რუსეთის ხელისუფლება ამ იდეის განხორციელებას მიზანმიმართულად ცდილობდა.    

ამრიგად, აფხაზეთის სამთავროში (1810-1864) ქართველი სამღვდელოების დიდი მეცადინეობით მართლმადიდებლური ქრისტიანობა აღორძინდა, მაგრამ რუსეთის ხელისუფლება ქართული საეკლესიო და კულტურულპოლიტიკური სამყაროსაგან აფხაზეთისა და აფხაზების ჩამოშორებასა და “რუსული აფხაზეთის” შექმნის იდეის განხორციელებას ცდილობდა.